1997-2015《计时引爆摩天楼》、《第十四个目标》、《世纪末的魔术师》、《瞳孔中的暗杀者》、《通往天国的倒计时》、《贝克街的亡灵》、《迷宫的十字路口》、《银翼的魔术师》、《水平线上的阴谋》、《侦探们的镇魂歌》、《蔚蓝色的灵柩》、《战栗的乐谱》、《漆黑的追踪者》、《天空的遇难船》、《沉默的15分钟》、《第11个前锋》、《绝海的侦探》、《异次元的狙击手》、《业火的向日葵》

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在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问铃木次郎吉一骑绝尘，以三亿美元的天价将画作收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木次郎吉宣布他已联系世界各地的向日葵收藏家，让他们同意将分散在世界各地的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎、展览企划负责人圭子•安德森、画作鉴定师宫台夏美等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德从一开始便锁定了该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁了运送专机。 随着画展日期的临近，江户川柯南与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰，找出在暗地里策划阴谋的犯人。

某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时，一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动呢？

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，江户川柯南等人认定这次的事件与8年前朝仓优一郎主持负责的北之泽水坝的修建有关。 当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段不愿搬迁。为了探明事情的真相，柯南、灰原、少年侦探团以及毛利小五郎等人开车前往白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾、远野、立原等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。 立原的儿子冬马在8年前坠崖，在这8年时间里他一直昏迷不醒。在母亲的照料下冬马终于醒了过来，但却丧失了记忆，不知道当时在自己身上发生了什么事情。柯南通过推理，认为冬马的坠崖与一系列的案件有关。

目暮警官、毛利兰的母亲妃英理以及阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。江户川柯南开始追踪伤害了阿笠博士的犯人，他根据几起案件现场留下的线索，发现犯人是按照扑克牌的顺序来行凶的，而且遇害者都是与名侦探毛利小五郎有关的人。目暮警官提供的线索初步揭开了事情的真相，原来毛利小五郎当年任职警察的时候，曾经逮捕了犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也因为这一事件导致毛利小五郎离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱了，他开始按照扑克牌的顺序向毛利小五郎身边的人展开报复。 在得知了事情的原委后，毛利小五郎努力寻找身边有什么人与数字有关。在这一过程中，各种惊险的场面接连出现。然而江户川柯南也开始对案件的真相产生了疑惑……

柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来，他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查，发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时，他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。开幕酒会上，美绪作画时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本戴在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接着，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

铃木园子的伯伯铃木次郎吉在一次次败给怪盗基德后仍然心有不甘，他决定再一次向怪盗基德发起挑战。铃木次郎吉斥巨资制造了巨型飞船，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作为赌注，邀请怪盗基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的六小时飞行航程内，完成这项困难的任务。江户川柯南、毛利兰等人也受到了邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来采访。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。然而另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走了一种致命的病毒。 怪盗基德再发挑战书、实验室细菌丢失、恐怖分子袭击，众多危机一触即发！为了保护飞船上的财宝，柯南、服部平次还有警方等共同协作，与盗贼展开头脑作战！